マリンとその妹ウリンは海底で人間の姿をした少女「海人」として生活していた。ある日、海の上から美しい指輪が落ちてくるのを見たマリンは空の世界へ指輪を返そうとする。ウリンは空の世界（人間の世界）への恐怖から反対するが、マリンに押されて一緒に空の世界へ旅立つ。空の世界で指輪の持ち主である女子高生・宮守夏音を見つけるが、その指輪は別れた彼氏から貰ったものであったため、再び今度は山の方へ投げ捨ててしまう。
マリンとウリンは指輪を探す最中に誤って封印された石棺の蓋を開けて、闇の力である「セドナ」の封印を解いてしまう。セドナは世界を悪意で満たすために魚達を魔力で操り、邪悪な魂を集め始める。マリンと夏音は、自分達に秘められた力に目覚め、「海の巫女」と「空の巫女」としてセドナとの戦いに挑む。巫女は心のピュアさを力の源としている。元々邪悪な部分を持つ夏音の心であったが、マリンとの関係を通して次第に心のピュアさを取り戻していく。そしてマリンも夏音とのふれあいを通じて成長していく。
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